（二）內部審計機構缺乏應有的獨立性
　　內部審計機構是企業的內設機構，其獨立性不如外部審計，在審計過程中，不可避免地受到企業管理層意志的影響。目前，由于很多企業的內審機構并非直接向董事會負責，而是向總經理負責，或者在財務總監的領導下工作，甚至有的企業內審機構從屬于財務部門，這種機構設置使內部審計工作的獨立性和客觀性受到影響，很難以窄觀、公允的立場對企業的財務狀況和經營管理進行有效的監督和評價，提供出真實客觀程度較高的且富有建設性意見的審計報告。
　　（三）企業管理人員對內部審計不夠重視
　　內部審計產生的內在動因是基于管理和監控的需要，有些企業設立內部審計機構卻是迫于行政命令的規定，而非出于自身經營管理的需要；有些企業管理層不明白內部審計的真正意義，沒有意識到內部審計對企業內部控制實施、監督和評價的重要作用，將內部審計放在可有可無位置，沒有把它有機地融人到企業的管理體系中，使其真正擔負起管理、監控的雙重責任，內部審計機構設置流于形式，內部審計人員地位邊緣化，在企業管理活動中不受重視，這些都會影響內部審計工作的運行環境，使內部審計風險加大。
　　（四）企業經濟活動的復雜性和隱蔽性
　　隨著現代經濟的發展，企業的經濟活動形式越來越多樣化，相應內部審計對象和內容也日益繁雜，內部審計業務范圍從傳統的財務會計審計向經濟管理審計拓展，凡是對企業商業利益和持續經營有影響的管理因素都是內部管理審計的重要內容，審計領域的擴大對內部審計工作提出了更高的要求，審計人員做出正確結論的難度加大；同時，由于內部審計事項一般與企業生產經營活動密切相關，一些敏感事項涉及的人事關系復雜、舞弊手段隱蔽，內部審計人員發現和取證的難度較大，面臨更大的責任和風險；另外，隨著信息化程度的提高，企業會計信息資料和其他經營管理信息越來越多，形式種類也越來越豐富，同時與之相隨的虛假、差錯的會計和其他管理信息出現頻率也越來越高。各種復雜的經濟活動不但擴大了內部審計的范圍和工作量，而且給建立在傳統審計理論基礎上的內部審計方法和程序帶來了巨大的沖擊，這無形中就增加了內部審計的責任和風險。
（五）內部審計人員的整體素質不高
　　現代內部審計是一項涉及面非常廣泛的專業活動，不僅要求內審人員必須具備豐富的專業知識，包括會計、審計、經濟管理、定量分析、內部控制的檢查和評價、電子數據處理等方面的知識，還要求其必須擁有豐富的實踐經驗，具有敏銳的分析能力和較高的職業判斷能力，此外內部審計人員還必須具備工作責任心和職業道德意識，審計人員素質的高低是決定審計風險大小的主觀因素。目前，由于內部審計機構和審計人員普遍未受重視，同時我國內審準則、工作規范和職業道德標準仍存在相對滯后現象，許多內審機構和人員不能適應新形勢下的內部審計發展要求，也缺乏應有的職業規范的約束和指導，內審人員自身素質的缺陷增加了審計風險。