（3）總機構設立具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能部門，且具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能部門的經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額與管理職能部門分開核算的，可將具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能的部門視同一個分支機構，就地預繳企業(yè)所得稅。

　?。?）總機構和分支機構處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構統(tǒng)一計算全部應納稅所得額，然后依照《辦法》第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權重，計算劃分不同稅率地區(qū)機構的應納稅所得額后，再分別按總機構和分支機構所在地的適用稅率計算應納稅額。

　　3、不能就地預繳稅款的分支機構。

　　（1）具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能部門與管理職能部門的經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額不能分開核算的，不能視同一個分支機構，不就地預繳企業(yè)所得稅。

　?。?）不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能，且在當?shù)夭焕U納增值稅、營業(yè)稅的產(chǎn)品售后服務、內(nèi)部研發(fā)、倉儲等企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級及以下分支機構，不就地預繳企業(yè)所得稅。

　　（3）上年度認定為小型微利企業(yè)的，其分支機構不就地預繳企業(yè)所得稅。

　?。?）新設立的分支機構，設立當年不就地預繳企業(yè)所得稅。

　?。?）撤銷的分支機構，撤銷當年剩余期限內(nèi)應分攤的企業(yè)所得稅款由總機構繳入中央國庫。

　?。?）企業(yè)在中國境外設立的不具有法人資格的營業(yè)機構，不就地預繳企業(yè)所得稅。企業(yè)計算分期預繳的所得稅時，其實際利潤額、應納稅額及分攤因素數(shù)額，均不包括其在中國境外設立的營業(yè)機構。

　　4、以前年度虧損的彌補。

　　總機構和分支機構2007年及以前年度按獨立納稅人計繳所得稅尚未彌補完的虧損，允許在法定剩余年限內(nèi)繼續(xù)彌補。

　　5、預繳比例的確定。

　?。?）總機構直接管理的跨地區(qū)設立的項目部，應按項目實際經(jīng)營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業(yè)所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。

　　（2）扣除總機構直接管理的項目部預繳的稅款后，其他應匯總繳納的企業(yè)所得稅稅款由總機構和分支機構應分期預繳，50%在各分支機構間分攤預繳，50%由總機構預繳?？倷C構預繳的部分，其中25%就地入庫，25%預繳入中央國庫，分支機構預繳的稅款數(shù)額，由總機構按全部應預繳稅款的50%計算確定后，于每月或季度終了后10日內(nèi)通知給各分支機構，具體確定方法如下：

　　某分支機構分攤比例＝0.35×（該分支機構營業(yè)收入/各分支機構營業(yè)收入之和）＋0.35×（該分支機構工資總額/各分支機構工資總額之和）＋0.30×（該分支機構資產(chǎn)總額/各分支機構資產(chǎn)總額之和）