二、新政策變化對企業納稅申報的影響
　　新舊政策相比，具體分配方法和征管模式的轉變會對匯總納稅企業的納稅申報產生影響。
　　(一)“三因素”計算口徑發生變化
　　企業用于計算稅款分配比例的“三因素”計算口徑發生變化。新政策采用會計準則的表述和口徑，將“三因素”中的“經營收入”改為“營業收入”，“職工工資”調整為“職工薪酬”，對“資產總額”的解釋不再排除無形資產。修改之后更方便納稅人按照會計報表數據計算和分配稅款。
　　(二)分支機構“三因素”所屬區間調整
　　在計算分支機構稅款分配比例時適用的稅款所屬期，舊政策采用兩個標準，即1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度。新政策統一確定為上年度，不再區分上上年度和上年度。
　　這也意味著企業的分支機構開始按比例分配稅款就地預繳申報的時間發生變化。假如一家匯總納稅企業的分支機構是2013年3月份設立的，按舊政策，該企業的分支機構從2014年7月1日才開始按比例分配稅款就地預繳申報;但新政策實施后，該企業的分支機構從2014年1月1日起就開始按比例分配稅款就地辦理預繳申報。(之前進行零申報)
　　(三)匯總納稅企業的分支機構也要參與匯算清繳申報
　　新政策明確總分機構參與匯算清繳稅款分配，即匯算清繳應補應退稅款按照預繳分配比例分配給總分機構，由總分機構分別就地辦理稅款繳庫或退庫，改變了匯繳補退稅全部由總機構負責的做法。因此在辦理2013年及以后年度的年度匯算清繳申報時，不僅匯總納稅企業的總機構應該進行匯算清繳申報，其參與分配的分支機構也要進行年度申報。
　　(四)撤銷分支機構分配稅款的計算方法發生改變
　　新政策明確當年撤銷的分支機構自辦理注銷稅務登記之日起不參與分攤，不再從撤銷次年起才不參與分攤。
　　但由于2012版的季度申報表未做修改仍在使用中。經了解，我省目前在處理撤銷分支機構分配稅款的問題上，做法仍與舊文件保持一致，即當年撤銷的二級分支機構，自辦理注銷稅務登記之日起次年不再參與當期企業所得稅稅款的分配計算，當年剩余期限應分攤的稅款由總機構統一繳納，其總機構在辦理當年剩余期限季度預繳申報時，將該撤銷分支機構分配的稅款填入2012版季度申報表的第30行“總機構已撤銷分支機構應分攤所得稅額”。今后如有新文件明確不同處理方式的，按新文件執行。
　　(五)不適用匯總納稅管理辦法的企業范圍有所調整
　　純中央收入和純省收入的匯總納稅企業，不實行57號公告和閩財預〔2012〕122號文件規定的匯總納稅管理辦法，由總機構統一核算匯總繳納企業所得稅，各分支機構不就地預繳企業所得稅。其中，原28號文件規定了14家企業，57號公告減少了1家(鐵路運輸企業)，增加了2家(中國信達資產管理股份有限公司、中國長江電力股份有限公司)，現有15家跨省市的匯總納稅企業的分支機構不實行就地預繳的匯總納稅管理辦法;跨地市的匯總納稅企業中，13類企業不適用匯總納稅管理辦法的范圍新舊政策基本保持不變。