分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)有權(quán)對其主管分支機構(gòu)計算分攤稅款比例的三個因素、計算的分攤稅款比例和應(yīng)分攤繳納的所得稅稅款進行查驗核對;對查驗項目有異議的，應(yīng)于收到匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表后30日內(nèi)向企業(yè)總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)提出書面復(fù)核建議，并附送相關(guān)數(shù)據(jù)資料。總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)必須于收到復(fù)核建議后30日內(nèi)，對分攤稅款的比例進行復(fù)核，作出調(diào)整或維持原比例的決定，并將復(fù)核結(jié)果函復(fù)分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)。復(fù)核期間，分支機構(gòu)應(yīng)先按總機構(gòu)確定的分攤比例申報繳納稅款。
　　(三)匯總納稅企業(yè)的資產(chǎn)損失申報和優(yōu)惠事項申請
　　匯總納稅企業(yè)發(fā)生資產(chǎn)損失，應(yīng)按規(guī)定由總機構(gòu)和二級分支機構(gòu)分別向主管稅務(wù)機關(guān)進行專項申報和清單申報，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)強化對企業(yè)申報扣除的資產(chǎn)損失進行后續(xù)跟蹤管理。
　　匯總納稅企業(yè)原則上由總機構(gòu)統(tǒng)一向主管稅務(wù)機關(guān)申報優(yōu)惠事項的審(核)批或者備案手續(xù);對于按照稅收法律、法規(guī)和其他規(guī)定，由分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)管理的企業(yè)所得稅優(yōu)惠事項，分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)加強審批(核)、備案管理，并通過評估、檢查和臺賬管理等手段，加強后續(xù)管理。
　　(四)匯總納稅企業(yè)的監(jiān)督檢查
　　57號公告實施后，充分考慮了匯總納稅企業(yè)的特點，明確分別由總分機構(gòu)所在地稅務(wù)機關(guān)加強日常監(jiān)督和檢查。
　　跨省市匯總納稅企業(yè)的總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)可以對企業(yè)自行實施稅務(wù)檢查，也可以與二級分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)聯(lián)合實施稅務(wù)檢查。總機構(gòu)應(yīng)將查補所得稅款(包括滯納金、罰款，下同)的50%按照規(guī)定計算的分攤比例，分攤給各分支機構(gòu)繳納，50%分攤給總機構(gòu)繳納。
　　二級分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)配合總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)對其主管二級分支機構(gòu)實施稅務(wù)檢查，也可以自行對該二級分支機構(gòu)實施稅務(wù)檢查。其查補所得稅款的50%分攤給總機構(gòu)繳納，50%分攤給該二級分支機構(gòu)就地辦理繳庫。
　　上述稅款分攤情況應(yīng)由被查機構(gòu)填寫匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表經(jīng)主管稅務(wù)機關(guān)審核后，連同稅務(wù)檢查結(jié)論，由接受分攤機構(gòu)(總機構(gòu)或分支機構(gòu))向所在地主管稅務(wù)機關(guān)報備。
　　跨地市的匯總納稅企業(yè)的管征辦法尚未出臺，但據(jù)悉管征模式將類似于跨省市的匯總納稅管理模式。