基本案情：

隨著《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》的發布，2007年1月某市地稅稽查局接到群眾舉報：某房地產開發公司于2005年12月10日將位于繁華地段的一幢2000平方米待售的辦公大樓以每平方米2000 元的價格對外銷售，獲得銷售收入4000 萬元。企業只按5%申報繳納營業稅200萬元，城市維護建設稅14 萬元，教育費附加6萬元，印花稅2萬元。舉報者認為該房地產開發公司未交土地增值稅，偷稅300多萬元，要求對該公司進行檢查。

案件處理：

接到群眾舉報后，稽查局按照規定程序經過檢查核實，公司為建造這幢辦公大樓支付地價款800萬元，房地產開發成本1200萬元，房地產開發費用由于未對具體樓盤進行明細核算，難以劃分。稽查局按規定程序查補了土地增值稅，并處以一倍的罰款，處理如下：扣除項目：（800+1200）×[1+（10%+20%）]+220=2820（萬元）增值額：4000 -2820 =1180（萬元）增值額與扣除項目額比例：（1180÷2820）×100%=41.84%應交土地增值稅稅額：1180×30%=354（萬元）同時，按規定加收了滯納金。罰款一倍，計354萬元，并移送公安部門追究相應的法律責任。

法理分析：

根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》第六條的規定，計算增值額的扣除項目：（一）取得土地使用權所支付的金額；（二）開發土地的成本、費用；（三）新建房及配套設施的成本、費用，或者舊房建筑物的評估價格；（四）與轉讓房地產有關的稅金；（五）財政部規定的其他扣除項目。

《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》第七條第（三）項規定，開發土地和新建房及配套設施的費用（以下簡稱房地產開發費用），是指與房地產開發項目有關的銷售費用、管理費用、財務費用。財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產開發費用，按本條（一）、（二）項規定計算的金額之和的百分之五以內計算扣除。凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用按本條（一）、（二）項規定計算的金額之和的10%以內計算扣除。

第七條第（六）項又規定，根據條例第六條第（五）項規定，對從事房地產開發的納稅人可按本條（一）、（二）項規定計算的金額之和，加計20%的扣除。《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》第四條規定，納稅人轉讓房地產所取得的收入減除本條例第六條規定扣除項目金額后的余額，為增值額。《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》第十條第一項規定，增值額未超過扣除項目金額50%，土地增值稅稅額=增值額×30%.《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅字咱1995暫048號）第九條關于計算增值額時扣除已繳納印花稅的問題的規定，細則中規定允許扣除的印花稅，是指在轉讓房地產時繳納的印花稅。房地產開發企業按照《施工、房地產開發企業財務制度》的有關規定，其繳納的印花稅列入管理費用，已相應予以扣除。其他的土地增值稅納稅義務人在計算土地增值稅時允許扣除在轉讓時繳納的印花稅。