合作建房，是開發商在土地實施“招、拍、掛”之前拿地的重要途徑之一。利用該方式開發的房地產項目，如今已基本符合國家稅務總局《關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（財稅[2006]187號）所規定的清算條件。由于《土地增值稅暫行條例》、《土地增值稅暫行條例實施細則》及相關配套文件不夠細化，在清算實務中對于合作建房的判定仍存在一定問題。本文舉例對合作建房相關土地增值稅清算問題進行分析。

甲房地產開發公司（以下簡稱“甲公司”）與乙經濟開發公司（以下簡稱“乙公司”）簽訂合作建房協議，共同開發A房地產項目，甲公司負責投入資金及全部開發活動，乙公司將其所有的土地使用權投入該項目，建成后乙公司分得30%的房產（包括住宅及商鋪），甲公司分得其余房產。后經協商，乙公司將分得房產的住宅部分以2000元/平方米出售給甲公司，共分得價款1200萬元，其余4000平方米商鋪自用，并開具轉讓土地使用權的發票給甲公司。

一、若乙公司只取得房屋自用，根據財政部、國家稅務總局《關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅字[1995]48號）規定，對于一方出地，一方出資金，雙方合作建房，建成后按比例分房自用的，暫免征土地增值稅，建成后轉讓的，應征收土地增值稅。因此，對乙公司暫免征收土地增值稅，以后該公司將分得的房產轉讓應首先按轉讓土地使用權計算合作建房需繳納的土地增值稅，以分得房產當時的公允價值作為轉讓土地使用權的收入，再對轉讓的房產按轉讓舊房及建筑物征收土地增值稅。其公允價值可按財稅[2006]187號文件第三條第（一）款的要求確認：

1、按本企業在同一地區、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定；

2、由主管稅務機關參照當地當年、同類房地產的市場價格或評估價值確定。對甲公司來說，相當于用其建好的房產換取土地使用權，其應將分給乙公司房產的公允價值計入開發成本，并將該部分公允價值計入銷售收入。

二、若乙公司將土地使用權作價投入甲公司，換取甲公司一定股份再由甲公司開發該項目，根據財稅[2006]21號文件的規定，自2006年3月2日起，對于以土地（房地產）作價投資入股進行投資或聯營的，凡所投資、聯營的企業從事房地產開發的，或者房地產開發企業以其建造的商品房進行投資和聯營的，均不適用財稅字[1995]48號文件第一條暫免征收土地增值稅的規定，應按規定繳納土地增值稅。所以，應將乙公司所獲取甲公司股份的協議價或評估價作為轉讓收入，按轉讓土地使用權計算其應繳土地增值稅。對甲公司來說，應將乙公司投入的土地協議價或評估價作為取得土地使用權的成本在清算土地增值稅時予以扣除。