土地增值稅的計算公式為：應納土地增值稅＝增值額×稅率。公式中的“增值額”，是指納稅人轉讓房地產所取得的收入減除扣除項目金額后的余額。從公式可看見，納稅人合理合法地準確歸集扣除項目金額是計算的關鍵。在現實中，房地產開發的過程比較復雜，要經過項目立項、用地、開發、銷售、關聯方交易、融資等，期間需簽訂的合同種類也比較多，要做到合理合法地準確歸集土地增值稅的扣除項目金額，筆者認為，納稅人應注意以下幾個方面的問題。

　　會計核算與稅務處理不一致的，以稅務規定為準

　　《中華人民共和國稅收征收管理法》第二十條規定，從事生產、經營的納稅人的財務、會計制度或者財務、會計處理辦法和會計核算軟件，應當報送稅務機關備案。納稅人、扣繳義務人的財務、會計制度或者財務、會計處理辦法與國務院或者國務院財政、稅務主管部門有關稅收的規定抵觸的，依照國務院或者國務院財政、稅務主管部門有關稅收的規定計算應納稅款、代扣代繳和代收代繳稅款。《土地增值稅清算管理規程》（國稅發〔2009〕91號）第二十一條（六）規定，對同一類事項，應當采取相同的會計政策或處理方法。會計核算與稅務處理規定不一致的，以稅務處理規定為準。

　　扣除憑證要真實、合法、有效

　　《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）第四條（一）規定，房地產開發企業辦理土地增值稅清算時計算與清算項目有關的扣除項目金額，應根據土地增值稅暫行條例第六條及其實施細則第七條的規定執行。除另有規定外，扣除取得土地使用權所支付的金額、房地產開發成本、費用及與轉讓房地產有關稅金，須提供合法有效憑證；不能提供合法有效憑證的，不予扣除。《土地增值稅清算管理規程》（國稅發〔2009〕91號）第二十一條規定，（一）在土地增值稅清算中，計算扣除項目金額時，其實際發生的支出應當取得但未取得合法憑據的不得扣除。（二）扣除項目金額中所歸集的各項成本和費用，必須是實際發生的。（三）扣除項目金額應當準確地在各扣除項目中分別歸集，不得混淆。（四）扣除項目金額中所歸集的各項成本和費用，必須是在清算項目開發中直接發生的或應當分攤的。（五）納稅人分期開發項目或者同時開發多個項目的，或者同一項目中建造不同類型房地產的，應按照受益對象，采用合理的分配方法，分攤共同的成本費用。

　　財稅無具體規定的項目可參照行業規定

　　《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》第八條（一）規定，納稅人建造普通標準住宅出售，增值額未超過扣除項目金額20%的，免征土地增值稅。《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》（財稅〔2006〕21號）第一條規定，條例第八條中“普通標準住宅”和《財政部、國家稅務總局關于調整房地產市場若干稅收政策的通知》（財稅字〔1999〕210號）第三條中“普通住宅”的認定，一律按各省、自治區、直轄市人民政府根據《國務院辦公廳轉發建設部等部門關于做好穩定住房價格工作意見的通知》（國辦發〔2005〕26號）制定并對社會公布的“中小套型、中低價位普通住房”的標準執行。納稅人既建造普通住宅，又建造其他商品房的，應分別核算土地增值額。《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅普通標準住宅有關政策的通知》（財稅〔2006〕141號）規定，“普通標準住宅”的認定，可在各省、自治區、直轄市人民政府根據《國務院辦公廳轉發建設部等部門關于做好穩定住房價格工作意見的通知》（國辦發〔2005〕26號）制定的“普通住房標準”的范圍內從嚴掌握。

　　同時，提醒納稅人注意的是，房地產開發企業提供的扣除項目不符合規定的，可參照行業規定核定計算。