某建筑企業（以下簡稱總公司）設有一個二級機構甲分公司，2012年在異地設有直接管理的項目部A和B，甲分公司在異地設有管理的項目部C.A項目部不獨立核算，采用向總公司報賬制管理方式，B和C項目部的經營收入、職工工資和資產總額與總公司分開核算。2012年一季度總公司共取得利潤2000萬元，其中甲分公司取得利潤1000萬元，總公司直接管理的項目部A取得利潤 500萬元，項目部B取得利潤400萬元。該建筑企業是實行查賬征收，按照實際利潤額預繳企業所得稅的居民納稅人，假設以前年度無可彌補虧損。

    二級分支機構的判定

    《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發[2008]28號）規定，總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分期預繳企業所得稅。總機構設立具有獨立生產經營職能部門，且具有獨立生產經營職能部門的經營收入、職工工資和資產總額與管理職能部門分開核算的，可將具有獨立生產經營職能的部門視同一個分支機構，就地預繳企業所得稅。《國家稅務總局關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）關于二級分支機構的判定問題進一步明確，二級分支機構是指總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的領取非法人營業執照的分支機構。因此，甲分公司二級機構就地分期預繳企業所得稅；B項目部雖然不是二級分支機構，但是作為總公司設立具有獨立生產經營職能部門，其經營收入、職工工資和資產總額與總公司分開核算，B項目部視同一個分支機構，也可以就地預繳企業所得稅。

    二級分支機構及其下屬機構均由二級分支機構集中就地預繳企業所得稅；三級及以下分支機構不就地預繳企業所得稅，其經營收入、職工工資和資產總額統一計入二級分支機構。C項目部的經營收入、職工工資和資產總額與總公司雖然可以分開核算。但C項目部是二級分支機構下屬機構，不就地預繳企業所得稅。由二級分支機構甲分公司集中就地預繳企業所得稅。具有獨立生產經營職能部門與管理職能部門的經營收入、職工工資和資產總額不能分開核算的，具有獨立生產經營職能的部門不得視同一個分支機構，不就地預繳企業所得稅。A項目部采用向總公司報賬制管理方式，不獨立核算也不就地預繳企業所得稅。

    各機構應納稅款的計算與填報

    《國家稅務總局關于跨地區經營建筑企業所得稅征收管理問題的通知》（國稅函[2010]156號）規定，建筑企業總機構直接管理的跨地區設立的項目部，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預繳企業所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。在異地設有直接管理的項目部A和B，但B項目視同一個分支機構就地預繳企業所得稅，因此不適用上述規定。A項目部就地預分企業所得稅500×0.2%＝1（萬元）。填在《企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表（A類）》“特定業務預繳（征）所得稅額”欄。