主管研發機構退稅的國家稅務局負責研發機構采購國產設備退稅的認定、審核審批及監管工作。

采購國產設備適用退還增值稅政策的研發機構范圍和設備清單范圍，按財稅[2009]115號文件相關規定執行。

享受采購國產設備退稅的研發機構，應在申請辦理退稅前持以下資料向主管退稅稅務機關申請辦理采購國產設備的退稅認定手續。

　　（一）企業法人營業執照副本或組織機構代碼證（原件及復印件）；

　　（二）稅務登記證副本（原件及復印件）；

　　（三）退稅賬戶證明；

　　（四）稅務機關要求提供的其他資料。

　　本辦法下發前已辦理出口退稅認定手續的，不再辦理采購國產設備的退稅認定手續。

研發機構發生解散、破產、撤銷以及其他依法應終止采購國產設備退稅事項的，應持相關證件、資料向其主管退稅稅務機關辦理注銷認定手續。已辦理采購國產設備退稅認定的研發機構，其認定內容發生變化的，須自有關管理機關批準變更之日起30日內，持相關證件、資料向其主管退稅稅務機關辦理變更認定手續。

　　屬于增值稅一般納稅人的研發機構購進國產設備取得的增值稅專用發票，應在規定的認證期限內辦理認證手續。2009年12月31日前開具的增值稅專用發票，其認證期限為90日；2010年1月1日后開具的增值稅專用發票，其認證期限為180日。未認證或認證未通過的一律不得申報退稅。

研發機構應自購買國產設備取得的增值稅專用發票開票之日起180日內，向其主管退稅稅務機關報送《研發機構采購國產設備退稅申報審核審批表》（見附件）及電子數據申請退稅，同時附送以下資料：

　　（一）采購國產設備合同；

　　（二）增值稅專用發票（抵扣聯）；

　　（三）付款憑證；

　　（四）稅務機關要求提供的其他資料。

不屬于獨立法人的公司內設部門或分公司的外資研發中心采購國產設備，由總公司向其主管退稅稅務機關申請退稅。

主管退稅稅務機關對已辦理退稅的增值稅專用發票應加蓋“已申報退稅”章，留存或退還企業并按規定保存，企業不得再作為進項稅額抵扣憑證。

　　研發機構已退稅的國產設備，由主管退稅稅務機關進行監管，監管期為5年。監管期內發生設備所有權轉移行為或移作他用等行為的，研發機構須按以下計算公式，向主管退稅稅務機關補繳已退稅款。

　　應補稅款=增值稅專用發票上注明的金額×（設備折余價值÷設備原值）×適用增值稅稅率

　　設備折余價值=設備原值-累計已提折舊

　　設備原值和已提折舊按企業會計核算數據計算。