企業申請研發費用加計扣除，根據國稅發[2008]116號文規定，適用研發費用加計扣除優惠的納稅人指財務核算健全并能準確歸集研究開發費用的居民企業，該規定中所指財務核算健全要求企業必須對研究開發費用實行專賬管理，同時必須按照本辦法附表的規定項目，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研究開發費用實際發生金額；企業在一個納稅年度內進行多個研究開發活動的，應按照不同開發項目分別歸集可加計扣除的研究開發費用額。企業于年度匯算清繳所得稅申報時向主管稅務機關報送本辦法規定的相應資料，申報的研究開發費用不真實或者資料不齊全的，不能享受研究開發費用加計扣除，主管稅務機關有權對企業申報的結果進行合理調整。其中企業研發費加計扣除在匯算清繳時需向主管稅務機關報送材料包括：
　　1.享受企業所得稅優惠申請表（包括研發項目登記號信息）；
　　2.委托研發項目受托方提供的研發費用支出明細情況；
　　3.集中開發項目研發費決算表、費用分攤表和實際分享收益比例等資料；
　　4.研究開發項目的效用情況說明、研究成果報告等資料；
　　5.《企業所得稅年度納稅申報表》相關附表；
　　6.稅務機關需要的其他資料。
符合規定的研發費用，在企業所得稅年度匯算清繳時，實行自行申報并加計扣除辦法。基本流程含四個步驟：
1.企業首先向主管稅務機關報送研發項目立項資料。報送當年立項或變更當年立項的研發項目資料的，可在當年度內隨時報送；報送上年立項或變更上年立項研發項目資料的，最遲截止期在次年3月底（2009年在4月底）前報送。
2.主管稅務機關在規定工作日內，向企業編發告知書或是通知書。企業應予以查收。
　　3.收到主管稅務機關編發的通知書的企業，應在規定時間內，到其稅務征管所屬對應同級政府科技部門辦理鑒定，索取鑒定意見書，并將鑒定意見書送達主管稅務機關。
　　4.企業在辦理年度匯算清繳時，應按研發項目分類，將實際發生的（國稅發[2008]116號）第四條規定的研發費用金額，填入《企業所得稅年度納稅申報表》等相關附表中，并計算加計扣除金額。同時向主管稅務機關報送相關資料。
其次，據規定允許企業集團合理分攤研發費，對企業集團根據生產經營和科技開發的實際情況，對技術要求高、投資數額大，需要由集團公司進行集中開發的研究開發項目，其實際所發生的研究開發費，應當按照權利和義務、費用支出和收益分享一致的原則，合理確定研究開發費用的分攤方法，同時應提供明確規定參與各方在該研究開發項目中的權利和義務、費用分攤方法等內容的集中研究開發項目協議或合同，并由企業集團母公司負責編制集中研究開發項目的立項書、研究開發費用預算表、決算表和決算分攤表。