新修訂的《軟件企業認定管理辦法》明確了軟件企業的認定條件及程序，自2013年4月1日起實施。新修訂的《軟件企業認定管理辦法》（以下簡稱《辦法》）對原《軟件企業認定管理辦法》做了較大的修改。

　　一、主要變化

　　一是取消了原《辦法》關于“軟件企業認定的受理、審核由工信部授權的軟件企業認定機構負責，省級軟件產業主管部門負責審批、發證”的規定；新《辦法》中第五條規定，各省、自治區、直轄市及計劃單列市、新疆生產建設兵團工業和信息化主管部門（以下統稱省級主管部門）負責管理本行政區域內的軟件企業認定工作。

　　二是對軟件企業認定門檻適當抬高，要求加大研究開發投入，提高軟件產品自主開發銷售（營業）收入的比例，加強知識產權創造、運用、保護和管理，申報企業自產軟件產值占總產值的比例由35%提高到40%；從軟件收入和自產軟件收入比例上：軟件企業的軟件產品開發銷售（營業）收入占企業收入總額的比例一般不低于50%（嵌入式軟件產品和信息系統集成產品開發銷售（營業）收入占企業收入總額的比例不低于40%），其中軟件產品自主開發銷售（營業）收入占企業收入總額的比例一般不低于40%（嵌入式軟件產品和信息系統集成產品開發銷售（營業）收入占企業收入總額的比例不低于30%）；

　　三是明確了軟件企業認定辦理時限為20個工作日，新《辦法》第九條中規定，省級主管部門自受理軟件企業認定申請之日起20個工作日內按照本辦法第七條規定，對軟件產品開發銷售（營業）情況、技術研發能力情況（包括研發環境、研發團隊、以及場所購買或租賃情況等）、質量保障能力情況（包括質量保障體系、測試實驗環境與工具等）、知識產權情況（包括核心技術知識產權情況、知識產權保護情況等）、企業管理情況（包括管理團隊、經營管理制度等）等進行審查，必要時可組織產業、財務等專家圍繞上述方面對申請企業進行評審。

　　四是對認定結果除報工業和信息化部公示、備案外，還要同時抄送同級發展改、財政、稅務部門；

　　五是規定每年2月份前，地方軟件產業主管部門需向工信部報送軟件企業認定年度總結報告。舊《辦法》規定：提供上年度財務報表。新《辦法》的第八條第六款規定：經具有國家法定資質的中介機構鑒證的企業上一年度和當年度（實際年限不足一年的按實際月份）財務報表（含資產負債表、損益表、現金流量表）以及企業軟件產品開發銷售（營業）收入、企業軟件產品自主開發銷售（營業）收入、企業研究開發費用、境內研究開發費用等情況表并附研究開發活動說明材料（研究開發費用、軟件產品開發銷售（營業）收入政策口徑分別按照財稅〔2012〕27號文件第十三條、第十六條的規定歸集）；也就是需要企業提供年度審計報告和軟件收入的專項審計報告。