在會計核算方面，增值稅納稅企業(yè)比營業(yè)稅納稅企業(yè)更為復(fù)雜，要求也更加嚴(yán)格。營業(yè)稅依據(jù)各項收入和對應(yīng)的稅率就可以計算出應(yīng)納稅額，而增值稅在計算應(yīng)納稅額的時候就更加復(fù)雜，需要準(zhǔn)確核算各類收入和“應(yīng)繳稅金——應(yīng)交增值稅”下的各個明細(xì)賬，如果會計核算不健全，就不允許抵扣進(jìn)項稅額，這必然要加重企業(yè)的稅收負(fù)擔(dān)，部分“營改增”企業(yè)就是因為未能及時適應(yīng)“營改增”的轉(zhuǎn)變，在會計核算上不健全，導(dǎo)致不允許抵扣進(jìn)項稅額。

　　根據(jù)《增值稅暫行條例實施細(xì)則》第三十四條和《交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》第二十九條之規(guī)定，“有下列情形之一者，應(yīng)當(dāng)按照銷售額和增值稅稅率計算應(yīng)納稅額，不得抵扣進(jìn)項稅額，也不得使用增值稅專用發(fā)票：（一）一般納稅人會計核算不健全，或者不能夠提供準(zhǔn)確稅務(wù)資料的。”如果增值稅一般納稅人企業(yè)會計核算不健全，稅務(wù)機關(guān)有權(quán)決定不允許企業(yè)抵扣進(jìn)項稅額，也不得使用增值稅專用發(fā)票，還要按照銷售額和增值稅稅率計算應(yīng)納稅額，這將對企業(yè)的經(jīng)營和稅負(fù)造成重大的影響，因此企業(yè)一定要重視和健全會計核算。

　　對于健全會計核算問題，有關(guān)法律法規(guī)都作了相應(yīng)的規(guī)定。根據(jù)《增值稅暫行條例實施細(xì)則》第三十二條的規(guī)定，會計核算健全是指能夠按照國家統(tǒng)一的會計制度規(guī)定設(shè)置賬簿，根據(jù)合法、有效憑證核算。《稅收征收管理法實施細(xì)則》第二十二條規(guī)定：“從事生產(chǎn)、經(jīng)營的納稅人應(yīng)當(dāng)自領(lǐng)取營業(yè)執(zhí)照或者發(fā)生納稅義務(wù)之日起１５日內(nèi)，按照國家有關(guān)規(guī)定設(shè)置賬簿。前款所稱賬簿，是指總賬、明細(xì)賬、日記賬以及其他輔助性賬簿。總賬、日記賬應(yīng)當(dāng)采用訂本式。”《會計法》第三條規(guī)定：“各單位必須依法設(shè)置會計賬簿，并保證其真實、完整。”第十五條規(guī)定：“會計賬簿登記，必須以經(jīng)過審核的會計憑證為依據(jù)，并符合有關(guān)法律、行政法規(guī)和國家統(tǒng)一的會計制度的規(guī)定。會計賬簿包括總賬、明細(xì)賬、日記賬和其他輔助性賬簿。”

　　在稅務(wù)執(zhí)法實踐過程中，如果企業(yè)在財務(wù)核算上存在如下問題，就可能要認(rèn)定為會計核算不健全：一是賬務(wù)設(shè)置過于簡化，尤其是稅法明確規(guī)定應(yīng)當(dāng)設(shè)置而未設(shè)置的有關(guān)賬簿，無法滿足申報納稅的必備明細(xì)核算需求；二是不能按照會計制度和稅法的要求準(zhǔn)確核算成本、收入、費用、應(yīng)繳稅金等各級各類賬簿的有關(guān)數(shù)據(jù)，尤其是不能準(zhǔn)確核算增值稅的銷項稅額、進(jìn)項稅額和應(yīng)納稅額；三是會計科目邏輯關(guān)系混亂，對應(yīng)關(guān)系出現(xiàn)差錯；三是有關(guān)會計數(shù)據(jù)在原始憑證、記賬憑證、明細(xì)賬、總賬、會計報表和申報表之間缺乏邏輯對應(yīng)關(guān)系；四是缺乏原始憑證或者原始憑證不符合規(guī)定要求。