管理費實行預決算管理。管理中心年度管理費預算通過科學技術部報財政部審批后，列入創新基金預算。年度管理費決算經審計后，通過科學技術部報財政部。　　第八條　其他費用是指經財政部批準開支的與創新基金有關的其他支出。   
第三章 
項目審批和資金撥付　　第九條　企業依照《科技型中小企業技術創新基金項目管理暫行辦法》申請創新基金。管理中心具體負責項目的受理、評審和監管。　　第十條　企業在申報項目時須經省級科技主管部門推薦。出具推薦意見前，須征求同級財政部門對項目的意見，并將推薦項目名單抄送省級財政部門備案。　　第十一條　通過受理審查的項目，管理中心組織專家和評估機構進行評審、評估。根據評審、評估意見，管理中心本著“擇優支持”的原則，提出創新基金支持的項目和金額建議，報科學技術部、財政部審批。經科學技術部、財政部審批的項目正式立項。　　第十二條　創新基金項目實行合同管理，正式立項的項目由管理中心與項目承擔企業、推薦單位簽訂合同。　　第十三條　創新基金項目資金在合同簽訂后分兩次撥付。采用無償資助方式支持的項目立項后撥付70%，項目驗收合格后再撥付其余資金（第二次撥款）；采用貸款貼息方式支持的項目立項后按企業有效借款合同及付息單據核定的應貼息數額撥付80%，項目驗收合格后再撥付其余資金（第二次撥款）。　　第十四條　管理中心依據合同金額每年分批編制立項項目用款計劃，報財政部審批。　　第十五條　管理中心每年根據項目驗收情況分批編制二次撥款計劃，報財政部審核。　　第十六條　財政部對管理中心報送的立項項目用款計劃和二次撥款計劃審核后，將創新基金項目資金指標下達到項目所在地省級財政部門，并按照財政國庫管理制度的有關規定辦理資金支付。   
第四章 
監督管理與檢查　　第十七條　省級科技主管部門負責當地創新基金項目的日常監督管理和驗收工作；省級財政部門負責對當地創新基金的運作和使用進行監督、檢查，參與項目的驗收工作；管理中心負責制訂項目監督管理和驗收的工作規范，組織實施項目監督管理和驗收工作，分析總結項目執行情況。　　第十八條　項目承擔企業應按要求定期填報監理信息調查表（半年報、年報）。省級科技主管部門可委托地市級科技主管部門或國家級高新技術產業開發區管委會對項目執行情況進行檢查和監理。管理中心根據企業監理信息調查表、省級科技主管部門的監理意見、省級財政部門的檢查意見、實地檢查情況等，提出項目執行情況分析報告，報送科學技術部、財政部。　　第十九條　省級財政部門、科技主管部門應加強對創新基金項目的跟蹤問效。科技主管部門應將本地區項目監理信息匯總情況抄送省級財政部門。省級財政部門要定期抽查項目執行情況，對于所轄地區創新基金使用管理情況提出年度執行情況報告，下一年度4月底前報送財政部，同時抄送管理中心。　　第二十條　項目承擔企業應嚴格執行國家有關財經法規、財務規章制度，認真履行合同，科學、合理、有效地安排和使用創新基金撥款，保證專款專用，嚴禁截留、挪用。　　第二十一條　項目承擔企業須對項目資金進行單獨核算，并接受有關部門的監督管理和檢查。無償資助項目承擔企業，在收到創新基金撥款后作為專項應付款處理，其中：形成資產部分轉入資本公積，消耗部分予以核銷；貸款貼息項目承擔企業，在收到創新基金撥款后作為沖減當期財務費用處理。　　第二十二條　省級財政部門、省級科技主管部門對創新基金項目實行定期檢查，管理中心實行重點檢查。財政部、科學技術部采取委托有關監督檢查部門抽查、社會中介機構檢查以及社會監督相結合的方式，加大對創新基金實施過程的監督檢查力度。　　第二十三條　企業在項目執行過程中如有重大違約行為，將終止合同并采取通報、停止撥款、追回項目資金等相應處理措施。需追回項目資金的，由管理中心負責監督企業將未使用的扶持資金如數上繳國庫，已形成資產的將資產變現后上繳國庫。　　凡違反創新基金有關管理辦法及國家財經紀律、財務制度的行為，將視情節分別依據國家有關法律、法規的規定處理。