5月12日，國家稅務總局下發了《土地增值稅清算管理規程》（國稅發〔2009〕91號），這是國家稅務總局在原來下發的《關于房地產開發企業土地增值稅 清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）和《土地增值稅清算業務準則》（國稅發〔2007〕132號）基礎上，總結完善的最新的清算政 策，新政策從2009年6月1日起施行。筆者認為，納稅人應該關注以下幾個方面。
　　清算前管理力度加大
　　一是實施項目管理。主管稅務機關將從納稅人取得土地使用權開始，按項目分別建立檔案、設置臺賬，對納稅人項目立項、規劃設計、施工、預售、竣工驗收、 工程結算、項目清盤等房地產開發全過程情況實行跟蹤監控，做到稅務管理與納稅人項目開發同步。二是關注會計核算。納稅人分期開發項目或者同時開發多個項目 的，稅務機關將督促納稅人根據清算要求按不同期間和不同項目合理歸集有關收入、成本、費用。三是實施專用票據。納稅人分期開發項目或者同時開發多個項目 的，主管稅務機關可結合發票管理規定，對納稅人實施項目專用票據管理措施。也就是說，稅務機關可以根據不同的開發項目，實行專用預售票據和專用銷售票據。
　　清算分為“自行清算”和“要求清算”兩種
　　對于自行清算的，納稅人必須按照規定的時間和要求主動清算；對于要求清算的，納稅人應在收到稅務機關書面通知的情況下，再按規定清算，也可以理解為不 通知不清算。納稅人符合下列條件之一的，要自行進行土地增值稅的清算：（1）房地產開發項目全部竣工、完成銷售的；（2）整體轉讓未竣工決算房地產開發項 目的；（3）直接轉讓土地使用權的。
　　對符合以下條件之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：（1）已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑 面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的；（2）取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；（3）納 稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的（應在辦理注銷登記前進行土地增值稅清算）；（4）省（自治區、直轄市、計劃單列市）稅務機關規定的其 他情況。
　　無論是自行清算還是要求清算，納稅人應當在滿足條件之日起90日內或在收到清算通知之日起90日內到主管稅務機關辦理清算手續。主管稅務機關受理納稅 人清算資料后，應在一定期限內及時組織清算審核。清算審核結束，稅務機關應當將審核結果書面通知納稅人，并確定辦理補、退稅期限。
　　明確規定項目清算單位
　　以什么為清算單位是涉及稅收負擔大小的關鍵。如果將增值額較大的清算單位和較小的合并清算，則可以降低稅負；如果分開清算，則增值額較大的開發項目納 稅多，總的納稅負擔會增加。稅法還規定，普通標準住宅增值額不超過20%的，可以享受免稅優惠，但要求分開核算，否則不能免稅。
　　舉例：某房地產開發公司開發商住混合樓項目，商業項目面積1000平方米，普通標準住宅面積為5000平方米，合計6000平方米。該混合樓項目土地 成本為120萬元，房屋開發成本600萬元，其他費用按比例扣除。假如該商業項目收入為500萬元，普通標準住宅收入為500萬元，合計1000萬元。營 業稅金及附加55萬元。
　　（1）商鋪和住宅合并一個單位計算土地增值稅：扣除項目＝土地成本＋房屋開發成本＋費用扣除10％＋加計扣除20％＋稅金＝120＋600＋（120＋600）×10％＋（120＋600）×20％＋55＝991（萬元）。
　　增值額＝收入－扣除項目＝（500＋500）－991＝9（萬元）。增值率＝增值額÷扣除項目×100％＝9÷991×100%＝0.9％。低于50%，適用30%的稅率。應納的土地增值稅：9×30％＝2.7（萬元）。
　　（2）將普通住宅和商鋪分為兩個清算單位計算土地增值稅（按面積分攤成本費用）：普通標準住宅扣除項目 為＝120×5000÷6000＋600×5000÷6000＋（100＋500）×30%＋27.5＝807.5（萬元）。增值 額＝500－807.5＝－307.5（萬元），無增值額不納稅。
　　商業扣除項目＝120×1000÷6000＋600×1000÷6000＋（20＋100）×30%＋27.5＝183.5（萬元）；增值 額＝500－183.5＝316.5（萬元）；增值率＝316.5÷183.5×100%＝172%，適用50%的稅率；商業項目應納土地增值 稅＝316.5×50%－183.5×15%＝130.725（萬元）。