內部審計的內容是一個不斷發展變化的范疇。現代內部審計的內容主要可分為以財務活動為對象的內部財務審計和以經營管理活動為對象的經濟效益審計兩大類。但在具體實施審計時，二者又是互相聯系、交叉、滲透的。內部審計人員正是通過對這兩部分內容的聯系審計來促進審計工作目標的實現的。一般地，內部審計工作的內容包括以下幾部分。　

    一、財政財務收支審計

　　同外部審計相比，內部審計實施的財政財務收支審計僅限于對本部門、本單位及所屬各部門、各單位財政財務收支進行的真實、合法和效益審計。由于各部門、各單位的資金來源狀況及資產、負債管理情況不盡相同，內部審計的重點也各不相同。對有國家財政資金介入的部門、單位，不僅要審查其自身財務狀況，還須重點檢查財政資金的使用渠道和使用方向。

　　1.行政單位的內部財政財務收支審計，重點是各級國家權力機關、行政機關、審判機關、檢察機關、各黨派、社會團體及其在境外的派出機構的行政經費、罰沒收入和行政性收費的真實、合法和效益性。

　　2.事業單位的內部財政財務收支審計，重點是各項事業經費收支的真實、合法和效益性，包括用于科學、教育、文化、衛生、廣播影視、地震、體育、民政、外交及農業、工業、交通、郵電通訊、商業貿易、工商行政、商品檢驗等各項事業發展的經費。這里，既包括財政預算撥款的審查，也包括財政預算外安排的各項資金、事業周轉金和事業性收費的審查。

　　3.企業單位(包括金融企業)的內部財政財務收支審計，重點是其資產、負債和損益的真實、合法和效益性。審查的主要內容：企業制定的各項制度是否符合國家有關法律法規的要求；企業一定時期內擁有的資產、承擔的債務、經營成果及其分配情況的真實、合法性；企業占有的國有資產的安全、完整和保值增值情況。

　二、經濟效益審計

　　財政財務收支審計是內部審計的基礎，經濟效益審計則是內部審計發展到現階段的特殊內容。而且，隨著市場經濟競爭的加劇，質量和效益已成為每個企業發展的直接決定力；通過內部審計找出經營管理中存在的問題，提出改進措施，以提高經濟效益，也成為企業管理者設置內部審計機構和人員的主要目的。內部審計人員在財務收支審計的基礎上進行效益審計，有許多方便之處：一是熟悉本單位情況，可以有針對性地做深入細致的調查工作；二是有足夠的時間深入生產經營的各個環節，及時取得有關資料和信息；三是內部審計的相對獨立地位，有利于提供客觀、真實、可靠的信息，更好地為改善本部門或本單位的經營管理、提高經濟效益服務。