十一屆全國人大常委會第九次會議審議了審計署審計長劉家義受國務院委托所作的《關于2008年度中央預算執行和其他財政收支的審計工作報告》，要求加大整改和處理力度，認真分析產生問題的深層次原因，推動有關部門完善財政管理方面的政策措施，建立預防財政違法違紀行為的長效機制，并將整改和處理情況向全國人大常委會報告。國務院十分重視審計查出問題的整改工作，溫家寶總理7月1日主持召開國務院常務會議專題研究部署，要求有關地區、部門和單位以高度負責的精神，進一步抓好整改工作，不斷推進制度建設，逐步健全責任追究和問責機制。各被審計單位認真進行整改，截至2009年11月底，已追回或歸還被擠占挪用的資金26.34億元，根據審計建議完善各項制度規定1125項；審計發現的119起涉嫌違法犯罪案件線索移送紀檢監察和司法機關查處后，已有31人被依法逮捕、起訴或判刑，91人受到黨紀政紀處分。現將審計查出問題的整改情況公告如下：
    一、中央財政管理審計查出問題的整改情況
    （一）中央預算管理審計查出問題的整改情況。
    1．關于財政部對以前年度按照權責發生制核算的支出凈結余541.19億元未及時清理的問題。財政部已報經國務院同意，將上述支出凈結余全部清理并安排使用。
    2．關于中央部門未嚴格執行政府采購規定的問題。財政部在2010年部門預算基本支出政府采購預算表中增加了集中采購、部門集中采購和分散采購等分類，并要求中央單位對項目支出預算表中屬于政府采購的項目，要編制詳細的政府采購計劃，為逐步細化政府采購預算創造條件。
    3．關于預算償債基金41.27億元未沖銷的問題，財政部將減少國債發行，同時沖減預算償債基金，并取消這一會計科目；關于收繳的藥品收支結余1513.29萬元未安排使用的問題，財政部已將結余資金安排使用，并將2009年6月30日以后的利息收入上繳中央金庫。
    4．關于國際金融組織貸款還貸準備金余額折合人民幣551.91億元管理不規范的問題，財政部將在報送給全國人大審議的預算草案中增加“還貸準備金收支情況表”，具體反映國際金融組織貸款還貸準備金收支情況，并將還貸準備金增值收益凈額納入預算管理；關于收回的國債轉貸資金本息余額225.89億元未及時繳入國庫的問題，財政部擬每年分兩次將資金上繳中央金庫：每年2月底前，將列入當年債務預算、已確認本息的上年回收資金，上繳中央金庫；每年6月底，待中央財政與地方財政上一年度年終結算確認后，將剩余資金上繳中央金庫。
    5．關于中央財政安排的救災類專項轉移支付資金管理方式不利于統籌使用的問題。財政部擬在現行管理體制框架下，研究建立新形勢下防災減災資金管理機制，并加大各主管部門和財政部各業務司的工作協調力度，切實發揮減災救災工作的整體合力。
    6．關于就業再就業資金結余123.71億元影響資金使用效益和政策實施效果的問題。財政部采取了以下措施：一是起草了《關于就業補助資金結余情況及下一步整改措施的報告》，并會同人力資源社會保障部制定了關于研究分析就業專項資金結余問題的工作方案；二是下發了《關于進一步加大各項就業政策落實力度的通知》、《關于建立就業資金統計月報制度有關問題的通知》，要求各級財政部門建立就業專項資金統計月報制度，加強資金撥付和預算執行管理，做好就業形勢分析，努力推進各項政策的落實。財政部還將會同有關部門做好就業政策落實情況的督查工作，并研究完善資金分配考核制度。
    7．關于發展改革委向不符合基本建設程序和有關規定的3個項目下達中央預算內投資計劃的問題。這些問題已全部得到整改，其中“甘肅石羊河流域西營河專用輸水渠工程”的可行性研究報告和初步設計，已得到發展改革委的批復；“第一重型機械集團鑄鍛基地及大型鑄鍛件自主化改造項目”的環境影響評價報告，已得到環境保護部的批復；“北方重工集團大型裝備產業升級項目”已按評審意見補充了相關資料。同時，發展改革委要求有關部門和地方提前做好建設項目前期工作，嚴格執行規定，手續和材料不完備的項目不得列入投資計劃。
    8．關于部分項目投資完成率低和已到位資金閑置的問題。發展改革委采取了以下措施：一是針對大型灌區續建配套與節水改造項目的問題，向有關地方發出通知，要求逐一調度項目建設進展情況，加快建設進度，目前已基本完成2008年第四季度中央新增投資項目的建設；二是針對采煤沉陷區治理項目的問題，發出整改通知，并赴各地進行督導，要求加快落實各項前期工作，加快工程建設進度。