專項審計調查，是指審計機關主要采用審計的方法，對與財政收支、財務收支有關或者本級人民政府交辦的特定事項，向有關地方政府、部門、單位和個人進行的專門調查活動。其主要的程序要求在于：

     專項審計調查事項應列入審計計劃，實行計劃管理。專項審計調查的事項主要有國家財經法律、法規、規章和政策的執行情況；行業經濟活動情況；有關資金的籌集、分配和使用情況；本級人民政府交辦、上級審計機關統一組織或者授權以及本級審計機關確定的其他事項。這些事項即可單獨確定為專項審計調查項目，亦可結合項目審計，進行專項審計調查，但應納入審計計劃，實行計劃管理。

     專項審計調查，應成立專項審計調查組，制定好審計調查方案。按照審計計劃，審計機關應根據專項審計調查事項的大小和工作難易程度及要求，指派能足夠勝任該項工作的人員，組成調查組，確定調查組組長，實行組長負責制，明確責權。并由調查組組長負責擬定專項審計調查方案報請審計機關批準。在具體實施過程中，依據實際情況的發展變化，需要對專項審計調查方案進行調整，亦應在調整時補辦報批程序和手續。專項審計調查方案涉及的主要內容包括調查的目標、范圍、內容、程序、時間和人員分工等。

      在實施專項調查前，擬定并送達專項審計調查通知書，并索取《審計文書送達回證》。專項審計調查通知書應包括被調查單位名稱；調查的依據、范圍、內容和時間；需要被調查單位配合工作的具體要求；調查組組長及成員名單等內容。如果專項審計調查是結合項目審計開展的，可以在項目審計通知書中明確專項審計調查事宜。

     實施專項審計調查與實施項目審計的方法和要求是基本相同的。實施專項審計調查的過程中，主要采取審計的方法取得被調查單位的有關材料，與項目審計一樣，取得的證明材料應當客觀、相關、充分和合法，足以證明被調查事項。取得的有關重要事項的證明材料，應當由提供者簽名或者蓋章予以核實和確認。不能取得提供者簽名或者蓋章的，審計調查人員應當注明原因。審計調查人員向被調查單位之外的有關單位和個人調查時，應當履行出示審計人員的工作證件和專項審計調查通知書副本的手續和程序。

     專項審計調查組在實施專項審計調查結束后，要及時向派出調查組的審計機關提交專項審計調查報告。專項審計調查報告應包括調查的范圍、內容和起止時間；被調查事項的基本情況；發現存在的問題及原因分析；調查結論和改進建議以及其他需反映的情況和問題。如果專項審計調查是與項目審計結合進行的，還應當將審計報告中反映的有關情況與調查結果一并匯總，形成專項審計調查報告。