經濟效益審計，是以審查評價實現經濟效益的程度和途徑為內容，以促進經濟效益提高為目的所實施的審計，是政府審計的一種形式。
經濟效益審計的主要對象是生產經營活動和財政經濟活動能取得的經濟效果或效率，它通過對企業生產經營成果、基本建設效果和行政事業單位資金使用效果的審查，評價經濟效益的高低，經營情況的好壞，并進一步發掘提高經濟效益的潛力和途徑。經濟效益審計，不僅是國家審計的一項重要目標，更重要的是內部審計的主要目標和日常工作的內容。根據我國國情的需要，實施效益審計，有利于促進國民經濟各部門、各企事業單位以及各級政府機關和科研單位圍繞提高經濟效益和工作效益改進自己的工作，加強內部控制，實現最佳管理；有利于改善社會主義經濟各方面的關系，維護正常的經濟秩序；同時也利于提高財務審計的質量和鞏固財經法紀審計的成果。
理解經濟效益審計的涵義，應當掌握以下幾點：
（1）審計的主體是獨立的審計機構或審計人員。
（2）審計的對象是被審單位或項目的財務收支或經濟活動。
（3）審計的性質是具有獨立性的經濟監督和評價活動，而不是結合業務工作進行的管理活動。
（4）經濟效益審計的職能除監督以外，更重要的是評價、監證被審單位或項目經濟效益的優劣。
（5）經濟效益審計范圍較廣，須要進行綜合的、系統的審查與分析。除了應用傳統的財務審計方法外，還廣泛應用現代管理科學的方法，而主要是為了取得審計證據。
（6）經濟效益審計的目的是促使被審單位、落實責任制度，改善經營管理，提高經濟效益。
我國的經濟效益審計，類同于國外的績效審計或“三E”審計，包括了經營審計和管理審計部分內容。“三E”審計，是指經濟性審計、效率性審計和效果審計。
對財務支出是否節約或浪費所進行的審計，為經濟性審計。所謂經濟性，是指以最低的支出和耗費開展經營活動，盡量節約，避免浪費。通過經濟性審計,可以揭示被審計單位財政財務活動的恰當程度及其遵紀守法情況。
效率性審計，主要是指對投入與產出之間關系所進行的審計。通過該種審計，借以評價成本與盈利的情況，判明被審計單位的經濟活動是否經濟有效。其審計的主要內容是：判明被審計單位在管理和利用資源上是否經濟有效;查明不經濟、效率低的原因；檢查是否遵守有關提高效率的法規等。效率審計，最終要揭示被審計單位管理結構的合理性和管理職能發揮的有效性,進一步尋求有利于提高效率的辦法和措施。由于該種審計主要采用貨幣計量單位,以價值的形式計算比較,所以也稱為價值審計。