截止2008年12月22日止，全國范圍內的高新技術企業認定工作已近尾聲，總計公示9136家。雖然仍有少部分地區本年度的高新認定工作尚未全部完成，但就目前公示整體情況來看，本次高新重新認定最終通過的企業數量應在13000家左右，較之以2007年底全國的50000多家，總量銳減了四分之三，這充分說明了新的高新技術企業認定標準的提高和難度的加大。以北京為例，老的高新技術企業總數為24000家左右，本次重新認定后估計保留的高新技術企業約為2600家左右，高新認定難度由此可見一斑。
在本次重新認定過程中，企業在諸多方面存在問題，包括認定中的工作安排問題、企業自身的資質等等。時至今日，對于已經通過本次認定的企業來說，如何維持高新資格？對于尚未通過的企業來說，如何再次進行認定？結合實務經驗，我們將對高新認定的全過程進行如下分析，以期對企業進行一定的風險提示。

一、認定工作中的問題
在高新認定工作當中出現的問題大抵可以總結如下：
1. 不理解、不清楚新政策。不少企業沒有關注新的高新認定標準，對于新的標準不太了解，在準備資料的過程中，仍然按照往年的思路進行，結果資料不完備，從而導致無法通過認定。
2. 不重視本次認定。部分企業在接受了一些培訓機構的講解后，認為資料準備相對簡單，沒有系統的安排重新認定的準備工作、投入足夠的人力，結果認定準備混亂，資料無法體現企業的高新資質，最終也無法通過認定。
3. 企業內部工作不能夠協調。高新認定工作涉及財務、技術、人力等諸多部門，由于事前未能統一理解高新認定的新標準，導致部門配合不協調，資料準備不一致，拖延了申報的過程、甚至無法完成年度的申報。我們接觸一個客戶，擁有13項專利，其它條件都比較符合條件，竟然沒有通過。原因就是沒有對高新有統一認識，各自為戰，導致最后的失敗。

二、自身資質問題
在具體高新認定條件準備中，我們發現企業自身資質疑難點主要集中在以下幾個方面：
1.高新領域無法確定。
由于此次高新領域的調整，原有的部分領域被刪除或簡化，同時新的領域在某些部分存在含糊，比如第五大類的“高技術服務業”，規定甚為籠統。因此不少企業無法找到完全貼合企業產品或技術的領域，從而導致企業在申報時出現領域選擇不準確而無法通過評審的情況。
2.核心自主知識產權缺乏。
由于中國專利保護力度仍然在完善當中，當企業擁有了行業領先的技術后，一般不太愿意進行公開專利申請。這就導致很多企業雖然具有符合高新領域的技術或產品，其相應的技術等也的確達到國內甚至國際領先水平，但囿于未專利申請的限制，依然無法達到高新認定的要求。