中注協于2008年11月12日發布《高新技術企業認定專項審計指引》（以下簡稱《審計指引》），在《審計指引》的具體指導下，一方面，會計師事務所已開始大量承接高新技術企業認定專項審計（以下簡稱認定專項審計）業務，認定專項審計工作順利推進。另一方面，會計師事務所在認定專項審計實施過程中還存在一些問題，本文就此進行探討與分析。

　　一、認定專項審計的簡要回顧

　　2007年3月16日，第十屆全國人民代表大會第五次會議審議通過了新的《中華人民共和國企業所得稅法》，對高新技術企業所得稅稅收優惠政策作出具體規定，即國家需要重點扶持的高新技術企業，減按15％的稅率征收企業所得稅。2007年11月28日國務院第197次常務會議通過的《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》明確列出了“國家需要重點扶持的高新技術企業”應同時滿足的條件。

　　為做好高新技術企業認定管理工作，2008年，科技部、財政部和國家稅務總局聯合印發了《高新技術企業認定管理辦法》（以下簡稱《管理辦法》）和《高新技術企業認定管理工作指引》（以下簡稱《管理工作指引》）。《管理辦法》和《管理工作指引》均明確要求，在進行高新技術企業認定時，需要企業提交具有資質的中介機構（即會計師事務所）鑒證的企業近三個會計年度研究開發費用情況表（實際年限不足三年的按實際經營年限）和財務報表（含資產負債表、損益表、現金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限）以及近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計報告作為申請材料。

　　二、認定專項審計業務執行中存在的主要問題

　　1.研究開發人員的判定。企業研發人員工資薪酬在整個研發費用中占有較大比重，因而，準確界定研發人員，對認定專項審計來說非常重要。但審計過程中，對企業研發人員的判定存在一定難度，有時很難判定究竟哪些人員屬于研發人員。比如，許多企業未按部門核算工資，員工聘任合同中也未注明具體崗位。又比如，一些研發人員經常參與企業的日常生產管理，往往具有雙重“身份”。企業研發人員不能準確劃分，其人工成本就容易和企業其他人員的人工成本相混淆，從而給認定審計后續工作帶來困難。

　　2.研發費用的歸集與分配。一些會計師事務所在審計中發現，認定企業在研發費用的歸集與分配上存在以下問題：

　　（1）研發費用未與其他生產經營支出相區分。不少企業沒有專門的研發機構，研發費用與日常生產經營支出混在一起，未作任何區分。即使設有專門研發部門的企業，其研發費用也往往不單獨核算、列示。也有一些企業將與科研項目有關聯，但不能算作項目投入的支出直接歸集到研發費用中。(