2008年國(guó)家稅務(wù)總局按《中華人民共和國(guó)企業(yè)所得稅法》及《實(shí)施條例》規(guī)定，出臺(tái)了《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用稅前扣除管理辦法》，規(guī)定企業(yè)為開(kāi)發(fā)新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用，未形成無(wú)形資產(chǎn)計(jì)入當(dāng)期損益的，在按規(guī)定據(jù)實(shí)扣除的基礎(chǔ)上，按照研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用的50%加計(jì)扣除；形成無(wú)形資產(chǎn)的，按照無(wú)形資產(chǎn)成本的150%攤銷。

　    一、研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除需及時(shí)進(jìn)行項(xiàng)目確認(rèn)及登記

　　A企業(yè)年度匯算時(shí)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請(qǐng)研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除，經(jīng)審定不予享受稅收優(yōu)惠，原因是企業(yè)研發(fā)立項(xiàng)后，未按規(guī)定進(jìn)行項(xiàng)目確認(rèn)及項(xiàng)目登記。

　　按規(guī)定，企業(yè)享受研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用稅前加計(jì)扣除政策分項(xiàng)目確認(rèn)、項(xiàng)目登記和加計(jì)扣除3個(gè)環(huán)節(jié)。

　　＂項(xiàng)目確認(rèn)＂指享受研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用稅前加計(jì)扣除政策的項(xiàng)目，需經(jīng)當(dāng)?shù)卣萍疾块T或經(jīng)信委進(jìn)行審核，并取得《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目確認(rèn)書(shū)》。

　    項(xiàng)目確認(rèn)采用“常年受理，集中確認(rèn)”的原則，企業(yè)申報(bào)項(xiàng)目確認(rèn)的截止時(shí)間為每年的12月31日，超過(guò)期限的原則上不再受理；企業(yè)當(dāng)年立項(xiàng)或變更立項(xiàng)的研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目，應(yīng)自項(xiàng)目立項(xiàng)或變更立項(xiàng)之日起1個(gè)月內(nèi)申請(qǐng)項(xiàng)目確認(rèn)和登記；企業(yè)跨年度開(kāi)發(fā)的研發(fā)項(xiàng)目，在首次立項(xiàng)研發(fā)的年度申請(qǐng)項(xiàng)目確認(rèn)和登記，以后年度不再報(bào)送研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目確認(rèn)和登記資料。

　　＂項(xiàng)目登記＂指企業(yè)取得《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目確認(rèn)書(shū)》后，經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)項(xiàng)目進(jìn)行登記并出具《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目登記信息告知書(shū)》。

　    稅務(wù)機(jī)關(guān)依流程受理項(xiàng)目登記，不再由企業(yè)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)登記；稅務(wù)機(jī)關(guān)在審核過(guò)程中，對(duì)情況不清的，深入企業(yè)調(diào)查了解核實(shí)情況。對(duì)無(wú)異議的，向企業(yè)發(fā)放《企業(yè)研發(fā)項(xiàng)目登記信息告知書(shū)》。

　　案例：A廢舊物資利用有限公司是一個(gè)利用三廢產(chǎn)品進(jìn)行生產(chǎn)的大型生產(chǎn)型企業(yè)，2009年企業(yè)經(jīng)過(guò)對(duì)市場(chǎng)的研究決定對(duì)熱能回收利用及尾氣凈化系統(tǒng)和設(shè)備進(jìn)行開(kāi)發(fā)研究，如成功將作為企業(yè)今后的生產(chǎn)方向。2010年企業(yè)在進(jìn)行企業(yè)所得稅匯算清繳時(shí)，將研究經(jīng)費(fèi)190萬(wàn)元在稅前進(jìn)行了扣除，并加計(jì)扣除了95萬(wàn)元。但稅務(wù)機(jī)關(guān)卻要求該企業(yè)調(diào)整應(yīng)納稅所得額95萬(wàn)，并補(bǔ)交企業(yè)所得稅。

　　分析：按《國(guó)家重點(diǎn)支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》和國(guó)家發(fā)展改革委員會(huì)等部門公布的《當(dāng)前優(yōu)先發(fā)展的高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重點(diǎn)領(lǐng)域指南（2007年度）》的規(guī)定，該項(xiàng)研究屬于《當(dāng)前優(yōu)先發(fā)展的高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重點(diǎn)領(lǐng)域指南》（2007年度）規(guī)定范圍，但該企業(yè)在從事研究開(kāi)發(fā)時(shí)，沒(méi)有到當(dāng)?shù)卣萍疾块T或經(jīng)信委進(jìn)行審核，而沒(méi)有取得《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目確認(rèn)書(shū)》。政策規(guī)定，企業(yè)需拿到確認(rèn)書(shū)后，報(bào)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)項(xiàng)目進(jìn)行登記并出具《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目登記信息告知書(shū)》。只有這樣，企業(yè)才具備加計(jì)扣除研發(fā)經(jīng)費(fèi)的資格。

　    二、企業(yè)須及時(shí)備案方可享受研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除優(yōu)惠

　　部分企業(yè)認(rèn)為，只要是發(fā)生符合條件的研發(fā)費(fèi)用，稅務(wù)部門都應(yīng)允許加計(jì)扣除，資料備案并不重要，這種觀點(diǎn)給企業(yè)帶來(lái)了一些不必要的涉稅風(fēng)險(xiǎn)。

　    按《關(guān)于企業(yè)所得稅稅收優(yōu)惠管理問(wèn)題的補(bǔ)充通知》（國(guó)稅函[2009]255號(hào)）規(guī)定，列入企業(yè)所得稅優(yōu)惠管理的各類企業(yè)所得稅優(yōu)惠包括免稅收入、定期減免稅、優(yōu)惠稅率、加計(jì)扣除、抵扣應(yīng)納稅所得額、加速折舊、減計(jì)收入、稅額抵免和其他專項(xiàng)優(yōu)惠政策。除國(guó)務(wù)院明確的企業(yè)所得稅過(guò)渡類優(yōu)惠政策、執(zhí)行新稅法后繼續(xù)保留執(zhí)行的原企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策、新企業(yè)所得稅法第29條規(guī)定的民族自治地方企業(yè)減免稅優(yōu)惠政策，及國(guó)務(wù)院另行規(guī)定實(shí)行審批管理的企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策外，其他各類企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策，均實(shí)行備案管理。

　　按如上規(guī)定，加計(jì)扣除屬于列入企業(yè)所得稅優(yōu)惠管理的項(xiàng)目，必須實(shí)行備案管理，且只能在發(fā)生當(dāng)年享受，年度匯算清繳期過(guò)后，不能在以后年度補(bǔ)充扣除加計(jì)部分。

　　案例：以上A廢舊物資利用有限公司，如在2009年進(jìn)行熱能回收利用及尾氣凈化系統(tǒng)和設(shè)備進(jìn)行開(kāi)發(fā)研究時(shí)，到當(dāng)?shù)卣萍疾块T或經(jīng)信委進(jìn)行審核，符合條件，并取得《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目確認(rèn)書(shū)》和稅務(wù)部門的《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目登記信息告知書(shū)》后，是否能在2010年企業(yè)所得稅匯算清繳時(shí)加計(jì)扣除？

　　分析：研發(fā)費(fèi)加計(jì)扣除是實(shí)行備案管理的一項(xiàng)優(yōu)惠政策，如果A公司在2010年企業(yè)所得稅匯算清繳期內(nèi)到主管稅務(wù)部門進(jìn)行了備案，那么其研發(fā)經(jīng)費(fèi)加計(jì)扣除的95萬(wàn)就可以扣除。如果過(guò)了企業(yè)所得稅匯算清繳期還沒(méi)有備案，那么其研發(fā)經(jīng)費(fèi)加計(jì)扣除的95萬(wàn)就不可以扣除。因?yàn)樵擁?xiàng)優(yōu)惠政策實(shí)行備案管理，且只能在發(fā)生當(dāng)年享受，過(guò)了企業(yè)所得稅匯算清繳期就不能享受政策了。

　    三、9種情形不能享受研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除

　　1、財(cái)務(wù)核算不健全且不能準(zhǔn)確歸集研發(fā)費(fèi)用的企業(yè)研發(fā)費(fèi)用。

　　2、非創(chuàng)造性運(yùn)用科技新知識(shí)，或非實(shí)質(zhì)性改進(jìn)技術(shù)、工藝、產(chǎn)品（服務(wù)）發(fā)生的研發(fā)費(fèi)用。

　　3、不屬于稅法列舉的研發(fā)費(fèi)用支出。

　　4、委托外單位進(jìn)行開(kāi)發(fā)的研發(fā)費(fèi)用，由委托方按照規(guī)定計(jì)算加計(jì)扣除，受托方不再加計(jì)扣除。

　　5、委托外單位進(jìn)行開(kāi)發(fā)的研發(fā)費(fèi)用，對(duì)委托開(kāi)發(fā)的項(xiàng)目，受托方應(yīng)向委托方提供該研發(fā)項(xiàng)目的費(fèi)用支出明細(xì)情況，否則該委托開(kāi)發(fā)項(xiàng)目的費(fèi)用支出不得實(shí)行加計(jì)扣除。

　    6、企業(yè)沒(méi)有按規(guī)定報(bào)備的開(kāi)發(fā)項(xiàng)目研發(fā)費(fèi)用。

　　7、企業(yè)集中研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目的研發(fā)費(fèi)須在受益集團(tuán)成員公司間進(jìn)行合理分?jǐn)偅鞴旧暾?qǐng)加計(jì)扣除時(shí)，須向稅務(wù)機(jī)關(guān)依法提供協(xié)議或合同，對(duì)不提供協(xié)議或合同的，研發(fā)費(fèi)不得加計(jì)扣除。

　    8、研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用和生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)費(fèi)用劃分不清的，不得享受加計(jì)扣除。

　    9、法律、行政法規(guī)和國(guó)家稅務(wù)總局規(guī)定不允許企業(yè)所得稅前扣除的費(fèi)用和支出項(xiàng)目，均不允許計(jì)入研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用。

　　案例：C公司是一中藥生產(chǎn)企業(yè)，在生產(chǎn)中藥產(chǎn)品的同時(shí)，2009年開(kāi)展新藥的研制。該新藥是用于防治心腦血管疾病的中藥新藥。該企業(yè)未設(shè)立專門的研發(fā)機(jī)構(gòu)。該單位研究人員在研發(fā)新藥時(shí)要使用中藥材，因?yàn)橹兴幉脑诤芏嗨幍呐浞街袝?huì)有重復(fù)的藥材使用，所以該企業(yè)在使用藥材時(shí)并未對(duì)生產(chǎn)使用數(shù)量和研發(fā)使用數(shù)量進(jìn)行分類分別核算。在2010年企業(yè)所得稅匯算清繳期內(nèi)到主管稅務(wù)部門進(jìn)行研發(fā)經(jīng)費(fèi)加計(jì)扣除備案時(shí)，將本年總消耗原材料1700萬(wàn)，扣除按照以往年度產(chǎn)品耗材比率計(jì)算生產(chǎn)所需的中藥原材料1500萬(wàn)元后，其余的200萬(wàn)耗材計(jì)入研發(fā)費(fèi)用要求加計(jì)扣除。問(wèn)，是否可以加計(jì)扣除100萬(wàn)？

　　分析：按《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用稅前扣除管理辦法（試行）》，企業(yè)未設(shè)立專門的研發(fā)機(jī)構(gòu)或企業(yè)研發(fā)機(jī)構(gòu)同時(shí)承擔(dān)生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)任務(wù)的，應(yīng)對(duì)研發(fā)費(fèi)用和生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)費(fèi)用分開(kāi)進(jìn)行核算，準(zhǔn)確、合理的計(jì)算各項(xiàng)研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用支出，對(duì)劃分不清的，不得實(shí)行加計(jì)扣除。

　　企業(yè)須對(duì)研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用實(shí)行專賬管理，同時(shí)須按辦法附表的規(guī)定項(xiàng)目，準(zhǔn)確歸集填寫(xiě)年度可加計(jì)扣除的各項(xiàng)研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用實(shí)際發(fā)生金額。企業(yè)應(yīng)于年度匯算清繳所得稅申報(bào)時(shí)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)送本辦法規(guī)定的相應(yīng)資料。申報(bào)的研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用不真實(shí)或者資料不齊全的，不得享受研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)有權(quán)對(duì)企業(yè)申報(bào)的結(jié)果進(jìn)行合理調(diào)整。

　　因此C公司如不能準(zhǔn)確核算研發(fā)新藥所耗用的原材料，那此部分支出就不能加計(jì)扣除。