分支機構是否要實質地參與匯算清繳是納稅人非常關注的，這一問題在新發布的《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》(國家稅務總局公告2012年第57號)有了答案。
　　《辦法》第十條規定：匯總納稅企業匯算清繳時，由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。
　　稅總同時明確涉及退稅時，也可經總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業所得稅稅款。第十一條規定了總分支機 構匯算清繳時應報送的申報表、財務報表及其他相關資料。
　　從上述規定可以看出，匯算清繳的主體仍然是總機構，分支機構并不需要進行年度納稅調整，自行計算應納稅所得額和應納稅額，只是根據總機構填報的分配表中應繳應退的稅款，就地申報補退稅。為了保證匯繳工作的順利進行，也需要分支機構填列年度納稅申報表，但只需要填列有限的幾項，與總機構的年度納稅申報完全是兩個概念。
　　同時，為便利就地實施稅務檢查，也需要分支機構報送參與企業年度納稅調整情況的說明，該說明由總機構確認后提交，涉及需由總機構統一計算調整的項目不進行說明。