企業所得稅法第二十七條第（三）項及其實施細則第八十八條規定，符合條件的沼氣綜合開發利用屬于環境保護、節能節水項目，可以享受“三免三減半”優惠?！董h境保護、節能節水項目企業所得稅優惠目錄（試行）》具體指定項目為“畜禽養殖場和養殖小區沼氣工程項目”，需符合的條件包括：1.單體裝置容積不小于300立方米，年平均日產沼氣量不低于300立方米/天，且符合國家有關沼氣工程技術規范的項目；2.廢水排放、廢渣處置、沼氣利用符合國家和地方有關標準，不產生二次污染；3.項目包括完整的發酵原料的預處理設施、沼渣和沼液的綜合利用或進一步處理系統，沼氣凈化、儲存、輸配和利用系統；4.項目設計、施工和運行管理人員具備國家相應職業資格；5.項目按照國家法律法規要求，通過相關驗收；6.國務院財政、稅務主管部門規定的其他條件。此項條款應重點關注的是：優惠主體為畜禽養殖場和養殖小區，而不是沼氣廠。
 

　　企業所得稅法第三十三條及其實施細則第九十九條規定，企業以《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》規定的資源作為主要原材料，生產國家非限制和禁止并符合國家和行業相關標準的產品取得的收入，減按90%計入收入總額?！顿Y源綜合利用企業所得稅優惠目錄》指明：農作物秸稈及殼皮為原料，生產代木產品、電力、熱力、燃氣，產品原料70%以上來自農作物秸稈及殼皮即符合規定。

　　優惠競合

　　不同的優惠條款前提條件不同，存在競合現象——能享受此條優惠就不能享受彼條優惠。

　　同時以秸稈和畜禽糞便為生產原料生產沼氣，就存在兩者比例的問題。具體比例如何，直接關系到能享受哪條優惠。

　　如果畜禽糞便生產占生產原料比重80%以上，可以享受增值稅即征即退100%優惠。但與此同時，其秸稈占生產原料比例必然達不到70%，不能享受企業所得稅減計收入優惠。

　　如果秸稈占生產原料比例在70%以上，可以享受企業所得稅減計收入優惠。但與此同時，其畜禽糞便占生產原料比重必然達不到80%，不能享受增值稅即征即退優惠。

　　至于企業所得稅“三免三減半”優惠，上文已強調，該項優惠的主體是畜禽養殖場（或養殖小區）。如果畜禽養殖場（或養殖小區）屬于該廠，則該廠符合上述6條件時可享受此項優惠；如果不屬于該廠，該廠僅是從畜禽養殖場（或養殖小區）購進畜禽糞便生產沼氣，則即使符合上述6條件，也不能享受此項優惠。

　　企業應根據自己的實際情況，準確把握稅收政策，如實到稅務機關辦理優惠備案，準確計算應納增值稅和企業所得稅。