2006年財政部頒布的新會計準則體系，審慎地引入了公允價值這一計量屬性，并且在非同一控制下的企業合并、金融工具確認和計量、債務重組、非貨幣性資產交換、投資性房地產等具體會計準則中得到了謹慎的運用。由此新增了“公允價值變動損益”這個會計科目，用來核算企業交易性金融資產或金融負債、采用公允價值模式計量的投資性房地產、衍生工具、套期保值業務、以及指定以公允價值計量且其變動計入當期損益的金融資產或金融負債等公允價值變動形成的應計入當期損益的利得或損失，并且在利潤表中的“營業利潤”前加以列報。實務中公允價值變動核算和列報都存在著一些問題，現針對這些問題及改進建議進行探討。
　　一、公允價值變動核算存在的問題
　　第一，“公允價值變動損益”是一個損益類的賬戶，期末時其余額已經轉入“本年利潤”，并在當期作為未實現的投資收益—公允價值變動損益列入了當年的利潤表。因此以后年度轉讓此投資性房地產時，該“公允價值變動損益”賬戶余額為零，無余額可結轉。而目前的會計核算將以前期間原已結平的“公允價值變動損益”轉入處置當期的“其他業務收入”，政策制定者的初衷是將未實現的收益（損失）在相關資產處置時作為已實現的收益（損失）計入處置當期的損益，但這其實是將以前期間發生的損益計入本期，將會導致處置當期的公允價值變動損益列報不實，違背了權責發生制的會計基礎。
　　第二，將公允價值變動損益與其他傳統的損益項目并列列報在利潤表的營業利潤中，不能區分已確認并實現的收益與已確認未實現的收益。公允價值變動損益是已確認未實現的收益，要等相關資產處置時才能得以實現，現在將其與投資收益等已確認并實現的收益一起列報于營業利潤中，這樣在企業的凈利潤中將包含部分未實現的收益，影響了財務信息的可理解性，不利于財務報告使用者做出判斷和決策。
　　第三，金融工具確認與計量中將可供出售金融資產公允價值變動產生的利得（損失）記入“資本公積——其他資本公積”，列報在資產負債表中。而交易性金融資產等的公允價值變動產生的利得（損失）則通過“公允價值變動損益”列報于利潤表。這種做法并不合理，既然都是公允價值變動產生的利得（損失），入為地將其分列于資產負債表和利潤表不具備足夠的理由。事實上這種規定也并不能有效制止企業進行盈余管理，如果企業真正想要操縱自己的盈利以操控股價，只需改變持有金融資產的目的，就能通過公允價值變動損益達到粉飾企業經營業績的效果。這種持有目的的改變即使在審計時也很難把握。所以為了防止上市公司通過操控盈余提供虛假信息而將可供出售金融資產在資產負債表日的公允價值變動記入“資本公積”沒有必要。