根據《土地增值稅暫行條例》第三條規定，土地增值稅按照納稅人轉讓房地產所取得的增值額和條例規定的稅率計算征收。土地增值稅的計算公式應為：應納稅額=∑（每級距的土地增值額×適用稅率）。在實際的工作中，土地增值稅應納稅額的計算方法應該分為以下五種：查賬計征法、預征計征法、評估價計征法、發票抵扣計征法和核定計征法。《土地增值稅暫行條例》第九條規定，納稅人有下列情形之一的，按照房地產評估價格計算征收：（一）隱瞞、虛報房地產成交價格的；（二）提供扣除項目金額不實的；（三）轉讓房地產的成交價格低于房地產評估價格，又無正當理由的。

　　對于用房地產評估價格計算土地增值稅方式，納稅人需注意以下三個要點。

　　評估收入與評估扣除項目金額采用的方法不同

　　《土地增值稅暫行條例實施細則》第十四條規定，《土地增值稅暫行條例》第九條（一）項所稱的隱瞞、虛報房地產成交價格，是指納稅人不報或有意低報轉讓土地使用權、地上建筑物及其附著物價款的行為。第九條（二）項所稱的提供扣除項目金額不實的，是指納稅人在納稅申報時不據實提供扣除項目金額的行為。第九條（三）項所稱的轉讓房地產的成交價格低于房地產評估價格，又無正當理由，是指納稅人申報的轉讓房地產的實際成交價低于房地產評估機構評定的交易價，納稅人又不能提供憑據或無正當理由的行為。隱瞞、虛報房地產成交價格，應由評估機構參照同類房地產的市場交易價格進行評估。稅務機關根據評估價格確定轉讓房地產的收入。提供扣除項目金額不實的，應由評估機構按照房屋重置成本價乘以成新度折扣率計算的房屋成本價和取得土地使用權時的基準地價進行評估。稅務機關根據評估價格確定扣除項目金額。轉讓房地產的成交價格低于房地產評估價格，又無正當理由的，由稅務機關參照房地產評估價格確定轉讓房地產的收入。

　　可見，按照房地產評估價格計算征收土地增值稅時評估房地產轉讓收入采用的是市場比較法評估的房地產交易價格，評估扣除項目金額采用的是重置成本法評估的房屋成本，兩種方法在評估原理上有著本質的區別。

　　舉例說明，某工業企業轉讓一幢20世紀90年代建造的廠房，當時造價100萬元，無償取得土地使用權。如果按現行市場價的材料、人工費計算，建造同樣的房子需600萬元，該房子為7成新。該企業已按500萬元出售價格向稅務機關申報土地增值稅。但稅務機關參照同類房地產的市場交易價格進行評估該企業轉讓房地產的評估價格應為800萬元。其他因素暫不考慮。則：（1）房地產轉讓收入為按市場交易價格進行評估的價格800萬元；（2）扣除項目為按重置成本法評估的價格=600×70%=420（萬元）；（3）增值額=800－420=380（萬元）；（4）增值率=380÷420×100%=90.48%；（5）應納稅額=380×40%－420×5%=131（萬元）。