根據《國家稅務總局關于印發《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》的通知》（國稅發[2008]28號以下簡稱《辦法》）、《國家稅務總局關于建筑企業所得稅征管有關問題的通知》（國稅函[2010]39號）以及《國家稅務總局關于跨地區經營建筑企業所得稅征收管理問題的通知》（國稅函[2010]156號）精神，建筑企業（指居民企業，下同）總、分支機構跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）經營時，其應繳納的企業所得稅實行總機構統一計算、總分支機構分別繳納（預繳）的辦法，并從2010年1月1日起按以下方法辦理：

　　1、稅款繳納原則。實行總、分機構體制的跨地區經營建筑企業應嚴格按照“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”原則計算繳納企業所得稅，其中：

　　“統一計算”：是指企業總機構統一計算包括企業所屬各個不具有法人資格的營業機構、場所在內的全部應納稅所得額、應納稅額。

　　“分級管理”：是指總機構、分支機構所在地的主管稅務機關都有對當地機構進行企業所得稅管理的責任，總機構和分支機構應分別接受機構所在地主管稅務機關的管理。

　　“就地預繳”：是指是指總機構、分支機構應按本辦法的規定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。

　　“匯總清算”：是指在年度終了后，總機構負責進行企業所得稅的年度匯算清繳，統一計算企業的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補稅款。

　　“財政調庫”：是指財政部定期將繳入中央國庫的跨地區總分機構企業所得稅待分配收入，按照核定的系數調整至地方金庫。

　　2、分級預繳辦法。

　　（1）總機構和具有主體經營職能的二級分支機構，就地分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。二級分支機構及其下屬機構均由二級分支機構集中就地預繳企業所得稅；三級及以下分支機構不就地預繳企業所得稅，其經營收入、職工工資和資產總額統一計入二級分支機構，即：建筑企業所屬二級或二級以下分支機構直接管理的項目部和跨地區設立的不符合二級分支機構條件的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），應匯總到總機構或二級分支機構統一計算繳納企業所得稅。

　　（2）總機構只設跨地區項目部或既有直接管理的跨地區項目部，又有跨地區二級分支機構的，先扣除已由項目部預繳的企業所得稅后，再按計算總、分支機構應繳納的稅款。